Январь 2020 года. Выступая на расширенном заседании правительства президент Казахстана говорит:
«По итогам анализа Счетный комитет выявил ряд системных проблем: дублирование функционала, раздутые структуры и штаты. Например, холдинг "Байтерек". Это 63 организации, из них 11 дочерних организаций. Это 2 800 сотрудников.
Административные расходы "Байтерека" превысили 54 миллиарда тенге, из них 24 миллиарда тенге - только зарплаты. Честно сказать, я не вижу усилий со стороны "Байтерека" по реформированию холдинга»
Спустя 8 месяцев, в сентябре глава государства объявляет о необходимости объединения холдингов «Байтерек» и «Казагро».
«Изменение институционального формирования является требованием времени. Поэтому следует объединить эти два холдинга и создать новый институт развития с более широкими финансовыми возможностями. Портфель компаний должен сократиться в два раза, а штат на 50%».
Май 2020 года. В Антикоре сообщили, что сотрудники компании «Байтерек» подозреваются в хищении 197 млн тенге. Но позже заявили, что после проверки никаких нарушений выявлено не было.
18 августа 2021 года. Сразу после появления годового отчёта национального управляющего холдинга «Байтерек» появилась и в Депозитарии финансовой отчётности информация о суммарном вознаграждении членов правления холдинга.
Согласно отчету, шесть членов правления «Байтерека» за 2020 год получили 248,5 млн тенге суммарного вознаграждения. К слову, в суммарное вознаграждение входят все денежные выплаты — зарплата, премии, бонусы и другие поощрения в денежной форме. Это в среднем по 3,45 млн тенге в месяц на каждого члена правления.
Согласно отчету, вознаграждение получили:
• председатель правления Айдар Арифханов;
• заместитель председателя правления Рустам Карагойшин;
• заместитель председателя правления Ануар Омарходжаев;
• управляющий директор по вопросам экономики, бухгалтерского учета и отчетности, казначейства, корпоративных финансов Ерсаин Хамитов;
• управляющий директор по вопросам по вопросам управления жилищно-строительными активами Тимур Жанке;
• управляющий директор Марат Омаров.